Estudantes beneficiados pelo Bolsa Família tiveram o maior registro de frequência desde 2007 para o período de abril e maio, de acordo com o Ministério da Educação (MEC). Nesses meses, o governo conseguiu acompanhar 89,81% dos alunos beneficiados. Em 2007, só 68,95% dos estudantes foram registrados.  O MEC monitora a frequência escolar dos alunos com idade entre 6 e 17 anos cujas famílias recebem o benefício do Bolsa Família do governo federal. Ao todo, 14.044.578 estudantes são contemplados pelo programa.  Para receber o pagamento, os estudantes de 6 a 15 anos devem comparecer a 85% das aulas no mês e os alunos de 16 e 17 anos, a pelo menos 75%. De acordo com a pasta, aproximadamente 84,7% do total ou 11,89 milhões de estudantes cumpriram esses critérios até o momento. Esses estudantes correspondem a 94,30% daqueles que estão sendo acompanhados.  "Mas isso, até agora, não atrapalha a família a receber o benefício, vai valer o cálculo anual", explica o secretário de Modalidades Especiais de Educação do MEC, Bernardo Goytacazes. O estudante que faltou a mais aulas que poderia neste segundo bimestre ainda pode compensar nos próximos bimestres. A falta também pode ser justificada com atestado médico, por exemplo. 
Além da frequência escolar, para assegurar a participação no programa os pais e responsáveis precisam, entre outras exigências, garantir que crianças e adolescentes recebam cuidados básicos de saúde, como a aplicação de vacinas. O cálculo de frequência é feito por aproximação com as secretarias estaduais e municipais de Educação. O resultado do acompanhamento da frequência escolar é registrado no Sistema Presença, do MEC. Os dados são repassados ao Ministério da Cidadania, responsável pelo programa.  Os dados, segundo o MEC, funcionam como um raio-x da educação e auxiliam no trabalho de combate ao abandono e à evasão escolar. Eles também são essenciais para o direcionamento de diversas políticas públicas.