O incêndio e o desabamento dos três andares do Museu Nacional transformaram o prédio histórico em um sítio arqueológico. Para o trabalho de resgate do que ainda pode ser salvo do acervo, os recursos emergenciais prometidos pelo Ministério da Educação (MEC) devem financiar ações emergenciais como um mapeamento aéreo, com o uso de drones, e a instalação de uma cobertura para proteger o prédio da chuva e do vento. Segundo a vice-diretora do Museu Nacional, Cristina Serejo, uma equipe de museólogos e arqueólogos da própria instituição trabalha em um protocolo para a retirada das peças que estão sob as cinzas. O mapeamento do museu contará também com os curadores das exposições, que ajudarão a indicar quais peças podem ser encontradas em cada área. "Vai ser todo um trabalho arqueológico para retirar, porque tem muito material e a gente vai ter que trabalhar de forma detalhada".
O Laboratório de Conservação e Restauração já está ativo para receber o que for encontrado, mas ainda é necessário esperar que o prédio seja liberado pela Defesa Civil e pela Polícia Federal, que investiga as causas do incêndio. O laboratório fica no anexo Alipio Ribeiro, parte subterrânea que não foi atingida pelo incêndio nem afetada pelo desabamento. Contêineres também devem ser levados para a Quinta da Boa Vista, parque em que fica o museu.
Segundo a vice-diretora, essas estruturas podem ser úteis para dar suporte ao trabalho. "A gente vai provavelmente colocar alguns contêineres ali perto para conseguir tirar todo o material e acondicionar de forma correta", disse. A instalação de uma cobertura no museu é outra das ações que estão em discussão. "Já foi indicado que é o melhor a fazer. Vai ter que cobrir. Tem todo o impacto da chuva nesses escombros, que são valiosos".
O diretor administrativo do museu, Wagner Martins, explicou ainda que a cobertura é necessária para preservar a própria estrutura que resistiu ao incêndio, uma vez que as intempéries podem provocar mais desabamentos. Também será necessário cercar a área e escorar as paredes com andaimes.